E-defter veri tabanına kayıtlı beratları silme ve yeni oluşturulacak beratların sisteme yüklenmesiyle ilgili aşamalar e-defter uygulama kılavuzunda tek tek açıklanmıştır. Buna göre;
Berat yükleme süresi geçen e-defterlere ilişkin berat silme işlemi, mükellef talebinin Gelir İdaresi Başkanlığı’nca uygun bulunması halinde yapılabilmektedir. Buna göre, yasal yükleme süresi geçen beratlara ilişkin e-defterlerde; teknik veya yazılımsal kaynaklı eksik veya hatalı veri girişleri olması ve söz konusu hatanın Muhasebe Sistemi Uygulama Genel Tebliğlerinde belirtilen şekilde yapılacak kayıtlarla izleyen ay veya aylarda düzeltilebilmesinin mümkün olmadığı durumlar ile e-defter ve beratlarının siber saldırı, virüs v.b. nedenlerle veya Vergi Usul Kanunu’nun 13. maddesinde belirtilen mücbir sebep halleri dolayısıyla zayi olması halinde; konunun detaylı olarak anlatıldığı bir dilekçe ve duruma göre aşağıda belirtilen belgeler ile Gelir İdaresi Başkanlığı Denetim ve Uyum Yönetimi Daire Başkanlığı’na başvurulması halinde, konu değerlendirilecek olup, başvurusu uygun bulunanlara; söz konusu e-defterlere ilişkin e-defter veri tabanına kayıtlı beratları silme ve yeni oluşturulacak beratları sisteme yükleme olanağı sağlanacaktır.
1- Teknik veya yazılımsal kaynaklı eksik veya hatalı veri girişleri olması halinde Neler Yapılmalıdır?
a) Özel Amaçlı YMM Raporu,
b) Uyumlu yazılım firması tarafından hazırlanan teknik rapor,
2- E-defter ve beratlarının siber saldırı, virüs vb. nedenlerle zayi olması halinde;
a) Özel Amaçlı YMM Raporu,
b) Veri kurtarma merkezi tarafından hazırlanacak durum tespit tutanağı
c) Muhasebe programındaki muhasebe fişlerinin de zarar görmüş olması halinde ayrıca Cumhuriyet Başsavcılığı’na suç duyurusunda bulunulduğuna ilişkin belge,
3- E-defter ve beratlarının, Vergi Usul Kanunu’nun 13. maddesinde belirtilen mücbir sebep halleri dolayısıyla zayi olması halinde ise;
a) Özel Amaçlı YMM Raporu,
b) Ayrıca, mücbir sebep halini tevsik edici diğer belgeler (polis tutanağı, yangın raporu, teknik rapor vb.) Başkanlık, gerekli gördüğü takdirde yukarıda belirtilen belgelere ilave olarak başka tevsik edici belgeler de talep edebilir.